Spory a nebezpečí sesuvů
Peru se dlouho snažilo o vrácení přibližně 40 000 artefaktů, včetně mumií, keramiky a kostí, které Bingham odvezl z Machu Picchu během první expedice. 14. září 2007 byla uzavřena dohoda mezi Yaleovou univerzitou a peruánskou vládou o návratu těchto předmětů. 12. dubna 2008 však peruánská vláda uvedla, že revidovala své předchozí odhady z 4000 na 40 000 kusů předmětů, což ale univerzita odmítla.
9. listopadu 2008 uvedl deník El Peruano, že ministr spravedlnosti hodlá pověřit prokuraturu, aby zahájila s Yaleovu univerzitou řízení ohledně navrácení tisíců artefaktů z pevnosti Machu Picchu. Obě strany se sice v roce 2008 dohodly, že univerzita artefakty vrátí, ale jednání ztroskotala na počtu předmětů, jejichž vydání peruánská vláda žádá.
V roce 2002 zveřejnila skupina japonských geologů zprávu, že se podloží pod Machu Picchu dalo do pohybu s reálnou hrozbou sesuvů, které by mohly vést až k samotnému zničení památky. Dle jejich práce by mohlo dojít k sérii sesuvů, jež by vedly k rozdělení města na dvě části a později k celkovému zániku památky. Geologové předpokládají, že by nejdříve mělo dojít ke zhroucení západního svahu, který je příkřejší a následně pak východního. V oblasti ruin se již nacházejí v severojižním směru drobné zlomy způsobené pohyby podloží.
V roce 2010 došlo v oblasti k sesuvům způsobeným dlouhodobými lijáky, kvůli kterým v okolí Machu Picchu uvízlo kolem 1300 turistů, kteří byli evakuováni vrtulníky. Celkem bylo v oblasti evakuováno 3900 turistů. K poškození památek na Machu Picchu nedošlo.